Поиск по:kodomo.fbb.msu.ru -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера kodomo.fbb.msu.ru ,которые мы индексируем. Показаны документы 121 - 140 из 117625.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
121. allpy: test/test_markups.py history
... Sat, 09 Jun 2012 21:03:13 +0400 . Daniil Alexeyevsky . ... Removed tests for long-removed "ss" markup . ... Merged allpy & tests from 1.4.0 into 1.4.2 1.4.2 . ... Added generic alignment & sequence markup classes for atomic types: int, str, char, float, bool -- and tests for them (see #94,#55) . ... Sun, 18 Sep 2011 15:11:49 +0400 . ... Thu, 21 Jul 2011 13:12:54 +0400 . ... Fri, 15 Jul 2011 17:02:09 +0400 . ... Tue, 12 Jul 2011 15:00:37 +0400 . ... Mon, 11 Jul 2011 14:32:06 +0400 . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/test/test_markups.py -- 9.0 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
122. allpy: pair_cores/mkhtml.py history
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . less more | (0) tip . age . author . description . Sat, 02 Jun 2012 19:33:42 +0400 . Daniil Alexeyevsky . Added backreferences to `Seqeunce`s from `Monomer`s (closes #49) . Sat, 26 Mar 2011 10:48:11 +0300 . boris (kodomo) . add pair_cores program package . less more | (0) tip
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/pair_cores/mkhtml.py -- 4.4 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
123. allpy: blocks3d/blocks3d.py history
... Sat, 02 Jun 2012 19:33:42 +0400 . ... Tue, 03 Apr 2012 12:25:56 +0400 . Boris Nagaev . ... Mon, 19 Mar 2012 13:52:56 +0400 . ... Merged utils, pair_cores, blocks3d and geometrical-core from 9ae23 into 1.4.2 1.4.2 . ... blocks3d: do not use ignore_one_ss feature of allpy trunc 1.4.2 . ... Sun, 18 Sep 2011 16:32:59 +0400 . ... blocks3d.py: add option -S not to save downloaded pdb to cache_dir . ... Thu, 24 Mar 2011 21:21:11 +0300 . ... boris . ... blocks3d/blocks3d.py: program was reimplemented . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/blocks3d/blocks3d.py -- 8.3 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
124. allpy: b556c96c6719 test/test_pickle.py
... file . ... file log . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . ... 1 import sys . 2 import pickle . 3 from StringIO import StringIO . ... 5 def test_pickle (): . 6 import allpy.protein as p . ... Sequence . from_string ( 'SEQVENCE' , name = 'sequence' ) . 8 file = StringIO () . 9 pickle . dump ( s , file ) . ... 11 del p . ... 13 for module in list ( sys . modules ): . 14 if module . ... 15 del sys . modules [ module ] . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/test/test_pickle.py -- 8.0 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
125. allpy: b556c96c6719 test/protein_pdb.py
... 1 import sys . ... 3 from allpy import protein , structure . 4 import protein_pdb . ... 6 class Sequence ( protein . Sequence , structure . ... 7 types = protein_pdb . ... 9 class Column ( protein . ... 12 class Alignment ( protein . Alignment , structure . ... 15 class Block ( protein . Block , structure . ... 18 class Monomer ( protein . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/test/protein_pdb.py -- 7.2 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
126. allpy: b556c96c6719 pair_cores/Makefile
log . ... file . ... file log . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . ... Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . ... 1 www = ../blocks3d/www . ... 4 $( MAKE ) -C $( www ) . 5 cp $( www ) /output/index.html $@ . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/pair_cores/Makefile -- 4.4 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
127. allpy: b556c96c6719 utils/flush_left.py
... help . ... 9 from allpy import protein . ... 12 alignment = protein . ... append_file ( open ( options . ... columns ) . 17 columns = alignment . columns [ options . ... from_alignment ( alignment , columns = columns ) . ... 27 parser = optparse . ... 28 parser . add_option ( "-i" , "--in-file" , . 29 help = "Input alignment file (in FASTA format)" ) . ... add_option ( "-o" , "--out-file" , . ... add_option ( "-b" , "--begin" , type = int , . ... 39 options , args = parser . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/utils/flush_left.py -- 15.6 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
128. allpy: b556c96c6719 allpy/processors.py
... 1 """Processors for Alignment.process and Block.process. 2 """ . ... 17 External command will receive FASTA-file and must return answer as a . 18 FASTA-file with the same ordering of sequences. 19 """ . ... 21 def __init__ ( self , command ): . ... 24 def __call__ ( self , block ): . 25 kwargs = { 'prefix' : 'allpy_processor_' , 'delete' : True } . ... 137 def __init__ ( self , processor ): . ... 140 def __call__ ( self , block ): . ... from_alignment ( block , sequences = sequences ) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/processors.py -- 46.0 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
129. allpy: test/test_pickle.py history
... Sun, 10 Jun 2012 16:08:47 +0400 . Daniil Alexeyevsky . ... Sat, 02 Jun 2012 19:33:42 +0400 . ... Added backreferences to `Seqeunce`s from `Monomer`s (closes #49) . Fri, 03 Jun 2011 16:59:45 +0400 . ... Added a test for pickling . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/test/test_pickle.py -- 4.6 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
130. allpy: pair_cores/Makefile history
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . less more | (0) tip . age . author . description . Thu, 21 Jul 2011 16:41:08 +0400 . Daniil Alexeyevsky . Removed pair_cores/html.htm and blocks3d/html.htm, whcih were autogenerated files. Looks like this closes #93. less more | (0) tip
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/pair_cores/Makefile -- 4.2 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
131. allpy: b556c96c6719 pair_cores/html.py
. log . graph . tags . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . children . line source . 1 ../ blocks3d / html . py .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/pair_cores/html.py -- 4.0 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
132. allpy: b556c96c6719 allpy/structure.py
... Sequence ): . ... from_alignment ( a , columns = []) . ... 174 if self in column and pdb_sequence in column : . ... 176 pdb_monomer = column [ pdb_sequence ] . ... 258 def superimpose ( self , main_sequence , gc , extra_columns = False ): . ... 267 if main_sequence in column and self in column : . ... from_alignment ( self , sequences , columns )) . ... superimpose ( main_sequence , gc , extra_columns = extra_columns ) . ... 522 Other sequences are fitted to the main sequence, using all the columns ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/structure.py -- 221.0 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
133. allpy: allpy/processors.py history
... Sun, 03 Jun 2012 12:09:41 +0400 . Daniil Alexeyevsky . ... Sat, 02 Jun 2012 22:33:50 +0400 . ... Fri, 01 Jun 2012 14:32:07 +0400 . ... Silenced all known noisy points in allpy . Wed, 30 May 2012 13:35:04 +0400 . ... Mon, 19 Mar 2012 13:52:56 +0400 . ... Fri, 16 Mar 2012 16:45:00 +0400 . ... Sat, 25 Feb 2012 20:16:51 +0400 . ... Sun, 05 Feb 2012 15:07:35 +0400 . ... Mon, 28 Nov 2011 18:33:25 +0300 . ... Mon, 28 Feb 2011 22:40:16 +0300 . ... Tue, 15 Feb 2011 22:47:34 +0300 . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/allpy/processors.py -- 11.8 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
134. allpy: utils/flush_left.py history
... Mon, 07 Feb 2011 21:46:43 +0300 . Daniil Alexeyevsky . Replaced all calls to obsolete Alignment.to_fasta() with Alignment.to_file() . ... Replaced all calls to obsolete Block.flush_left() with Block.flush("left") . ... Replaced calls to obsolete Alignment.from_file() with Alignment().append_file everywhere . Fri, 21 Jan 2011 15:00:23 +0300 . ... Wed, 12 Jan 2011 20:23:22 +0300 . ... Sat, 18 Dec 2010 00:17:48 +0300 . ... Added util flush_left.py . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/utils/flush_left.py -- 5.7 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
135. allpy: b556c96c6719 repeats/repeats.py
... file . ... file log . ... line source . ... 2 Repeats joining tool . ... 5 input_id pos_from pos_to . ... 8 from allpy import config , alignment , block , sequence . ... add_argument ( '-I' , help = 'Input text file with repeats' , metavar = 'FILE' , type = r , required = True ) . ... add_argument ( '-o' , help = 'Output alignment file' , metavar = 'FILE' , type = w , required = True ) . ... 43 repeat_type , pos_from , pos_to = line . ... 51 for pos_from , pos_to in repeat_copies_pos : . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/repeats/repeats.py -- 18.2 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
136. allpy: pair_cores/html.py history
. log . graph . tags . bookmarks . branches . changeset . browse . file . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . less more | (0) tip . age . author . description . Sat, 26 Mar 2011 10:48:11 +0300 . boris (kodomo) . add pair_cores program package . less more | (0) tip
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/pair_cores/html.py -- 4.1 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
137. allpy: allpy/structure.py history
... Mon, 14 Jan 2013 05:07:37 +0400 . Boris Nagaev . ... Fri, 11 Jan 2013 21:25:33 +0400 . ... Fri, 21 Dec 2012 15:04:53 +0400 . ... structure.py: add error messages to asserts . ... Fri, 01 Jun 2012 14:32:07 +0400 . ... Silenced all known noisy points in allpy . Fri, 25 May 2012 20:53:18 +0400 . ... Fri, 16 Mar 2012 23:43:28 +0400 . ... Fri, 15 Jul 2011 17:13:01 +0400 . ... Wed, 13 Jul 2011 01:39:16 +0400 . ... Tue, 12 Jul 2011 23:55:28 +0400 . ... boris . ... Mon, 11 Jul 2011 18:27:37 +0400 . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/log/tip/allpy/structure.py -- 19.7 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
138. allpy: b556c96c6719 debian/pyversions
. log . graph . tags . branches . changeset . browse . file . latest . diff . annotate . file log . raw . help . find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . Daniil Alexeyevsky <dendik@kodomo.fbb.msu.ru> . date . Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . parents . children . line source . 1 2 . 4 - .
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/debian/pyversions -- 3.9 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
139. allpy: b556c96c6719 blocks3d/Makefile
log . ... file . ... file log . ... find changesets by author, revision, files, or words in the commit message . blocks3d/www Makefile: never check certificates of github, they are too confusing for wget . author . ... Mon, 26 May 2014 17:20:29 +0400 . ... 1 www = ../blocks3d/www . ... 4 $( MAKE ) -C $( www ) . 5 cp $( www ) /output/index.html $@ . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/blocks3d/Makefile -- 4.4 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы
140. allpy: b556c96c6719 allpy/homology.py
... 16 monomer_ids = {monomer_id:class_id} . ... 21 columns = {class_id:column_number} . ... 36 + .add_monomer(monomer_id,class_id,column_number) . ... 46 self . ... write_monomer ( file , monomer_id , class_id , column_number = column_number ) . ... 189 def add_class ( self , monomer_ids , class_id , column_number ): . ... 200 def add_monomer ( self , monomer_id , class_id , column_number ): . ... write ( " %s \t %s \t %s \t %s \n " % ( class_id , monomer_id [ 0 ], monomer_id [ 1 ], column_number )) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://kodomo.fbb.msu.ru/hg/allpy/file/tip/allpy/homology.py -- 92.2 Кб -- 12.04.2016
Похожие документы
Похожие документы