Поиск по:mouse.genebee.msu.ru -
Поискать по всем серверам
На этой странице приведены все страницы сервера mouse.genebee.msu.ru ,которые мы индексируем. Показаны документы 21 - 40 из 63.
Упорядочить по:
URL
|
дате изменения
21. Nhunt: program for nucleic acid sequence similarity search
... Query: E. coli K12 tRNA (valV, selC, asnV, leuT, argZ from EMBL entry U00096 ) . ... BLASTN (both) | ... Nhunt . ... BLASTN (optimal): 3.5 s . BLASTN (default): 0.8 s . ... Nhunt: 7 s The program Nhunt surpass all other tested programs in sensitivity. ... Nhunt BLASTN (optimal): 2.9 s . ... Nhunt: 3.7 s BLASTN with default parameters actually cannot find any significant homologues. ... Nhunt-3: 1.7 s BLASTN with default parameters actually cann't find any significant homologues. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/examples.html -- 10.5 Кб -- 26.09.2012
Похожие документы
Похожие документы
22. Nhunt: program for nucleic acid sequence similarity search
. Nhunt: program for nucleic acid sequence similarity search . Download . User manual . Application examples . License . News . About . Authors publications . Contacts . Web interface . Linux x86 | Linux amd64 . source code . Copyright 2010-2011 Yury Pekov
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/download.html -- 5.2 Кб -- 26.09.2012
Похожие документы
Похожие документы
23. Nhunt: program for nucleic acid sequence similarity search
. Nhunt: program for nucleic acid sequence similarity search . Download . User manual . Application examples . License . News . About . Authors publications . Contacts . Web interface . Copyright 2010-2011 Yury Pekov
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/contacts.html -- 5.1 Кб -- 26.09.2012
Похожие документы
Похожие документы
24. Nhunt: program for nucleic acid sequence similarity search
... Faculty of Bioengineering and Bioinformatics of Moscow State University, Moscow, Russia ( link ) . Engelhardt Institute of Molecular Biology, Moscow, Russia ( link ) . Belozersky Institute of Moscow State University, Moscow, Russia ( link ) . ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/authors.html -- 6.0 Кб -- 26.09.2012
Похожие документы
Похожие документы
25. Nhunt: program for nucleic acid sequence similarity search
... 2011/12/09 . ... added alignment merging . added parameter corresponding to the width of output alignment . fixed homologue searching for very long query sequences . ... Copyright 2010-2011 Yury Pekov ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt.html -- 5.7 Кб -- 26.09.2012
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt/ -- 5.7 Кб -- 26.09.2012
Похожие документы
[ Сохраненная копия ] Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt/ -- 5.7 Кб -- 26.09.2012
Похожие документы
26. Geometrical core
... An alignment of a set of structures is a set of positions , to each position some atoms from different structures correspond. ... In a text representation of an alignment, all CA-atoms of the residues that are at the same position in different sequences form a position of the alignment (i.e., the first letters of the sequences form one position, the second ones another position, etc.) Geometrical core is a subset of alignment positions those atoms are disposed similarly in all structures. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/tools/gc.html -- 4.5 Кб -- 03.04.2012
Похожие документы
Похожие документы
27. NPIDB
. # ....... # S ....... S T ..... E R . Q U E . C N ..... T C ....... U # ....... R E ..... E S . S . Project information . List of available complexes . List of Pfam domain families . List of SCOP domain families . S main page
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/NPIDB/index.html -- 3.0 Кб -- 13.01.2012
Похожие документы
Похожие документы
28. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/blast.out
... Length=5419036 Score = 38.0 bits (145), Expect = 9e-04 Identities = 77/117 (66%), Gaps = 10/117 (8%) Strand=Plus/Plus Query 16 TTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAG-AATGATTTTATTA--TCGTAAGTAAAAT---T 69 || ... Sbjct 1700160 TTAAGAATCATTAAATTATATTTAAATAAATTAAATTAAAATTAACTAAAGTGAACGATT 1700219 Query 98 TG 99 || Sbjct 1700220 TG 1700221 Score = 34.2 bits (129), Expect = 0.012 Identities = 49/78 (63%), Gaps = 0/78 (0%) Strand=Plus/Minus Query 13 AAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACA 72 | ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/blast.out -- 115.1 Кб -- 16.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
29. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/blast_default.out
... Length=5419036 Score = 31.9 bits (34), Expect = 0.14 Identities = 19/20 (95%), Gaps = 0/20 (0%) Strand=Plus/Plus Query 48 TTTTATTATCGTAAGTAAAA 67 || Sbjct 540092 TTTTATTATCGAAAGTAAAA 540111 Score = 30.1 bits (32), Expect = 0.47 Identities = 16/16 (100%), Gaps = 0/16 (0%) Strand=Plus/Plus Query 82 AAAAAGGAAAACGACA 97 || ... Sbjct 4244081 TTTTTATCAAAAGTAAAATTACCTG 4244105 Score = 26.5 bits (28), Expect = 5.7 Identities = 14/14 (100%), Gaps = 0/14 (0%) Strand=Plus/Plus Query 81 TAAAAAGGAAAACG 94 || ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/blast_default.out -- 11.3 Кб -- 16.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
30. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/megablast.out
... Length=125 ***** No hits found ***** Lambda K H 0.192 0.176 0.357 Gapped Lambda K H 0.163 0.0680 0.160 Effective search space used: 233015022 Database: bacillus.fasta Posted date: Oct 13, 2011 3:03 AM Number of letters in database: 5,419,036 Number of sequences in database: 1 Matrix: blastn matrix 5 -4 Gap Penalties: Existence: 10, Extension: 6 Window for multiple hits: 40 ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/megablast.out -- 1.9 Кб -- 16.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
31. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/blast.out
... MG1655 chromosome, complete genome Length=300 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value embl|AE009441|AE009441 Pyrobaculum aerophilum str. ... Length=2222430 Score = 98.4 bits (402), Expect = 5e-21 Identities = 150/234 (65%), Gaps = 1/234 (0%) Strand=Plus/Plus Query 68 CCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCG-TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCA 126 || ... Sbjct 97796 GTTCTCCCGCCGAAGTGCTTGAGATACTCGCAACCGTGAATCTCAAAAAGAGG 97848 > embl|AE006641|AE006641 Sulfolobus solfataricus P2, complete...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/blast.out -- 8.3 Кб -- 16.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
32. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/blast_default.out
... Length=2222430 Score = 55.4 bits (60), Expect = 6e-08 Identities = 53/68 (78%), Gaps = 0/68 (0%) Strand=Plus/Plus Query 141 TTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTC 200 || Sbjct 1090874 TTACTGGGCTTAAAGCGCCCGTAGCCGGCCCGGCAAGTCGCTCCTGAAATCCCCGGGCTC 1090933 Query 201 AACCTGGG 208 || ... Sbjct 2071246 AGCCGCGGTAATACGG 2071261 Score = 28.3 bits (30), Expect = 8.9 Identities = 15/15 (100%), Gaps = 0/15 (0%) Strand=Plus/Plus Query 222 ACTGGCAAGCTTGAG 236 || ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/blast_default.out -- 7.4 Кб -- 16.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
33. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/megablast.out
... Database: archaea.fasta 5 sequences; 10,953,209 total letters Query= NC_000913.2 NC_000913.2 Escherichia coli str. ... MG1655 chromosome, complete genome Length=300 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value embl|AE004437|AE004437 Halobacterium sp. NRC-1, complete genome 78.0 8e-15 > embl|AE004437|AE004437 Halobacterium sp. NRC-1, complete genome. ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/megablast.out -- 3.2 Кб -- 16.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
34. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex1/valv_archaea_blast.txt
parameters: -word_size 4 -penalty -4 -reward 5 -gapopen 10 -gapextend 6 valV embl | AE004437 | AE004437 65.33 75 26 0 1 75 103431 103357 0.001 37.0 valV embl | AE004437 | AE004437 71.43 63 16 1 6 68 1877088 1877148 0.002 36.6 valV embl | AE004437 | AE004437 70.18 57 17 0 18 74 1228886 1228942 0.005 34.9 valV embl | AE004437 | AE004437 69.64 56 17 0 8 63 1412697 1412752 0.011 33.7 valV embl | ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex1/valv_archaea_blast.txt -- 21.1 Кб -- 16.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
35. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/miscRNA.fasta
>misc_240777 CU928145.2 Escherichia coli 55989 chromosome, complete genome. atgtctgtggcgaaattgactaccttcgtttttttgattaagaatgattttattatcgta agtaaaattacatgaacatttaaaaaggaaaacgacatgaaaccaaagcacagaatcaac attct
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/miscRNA.fasta -- 1.2 Кб -- 10.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
36. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/fasta.out
... IM2, c (2222430 nt) initn: 382 init1: 382 opt : 402 Z-score: 427.8 bits : 96.2 E(75): 3.7e-20 banded Smith-Waterman score: 402; 64.1% identity (64.1% similar) in 234 nt overlap (68- 300 :1090800-1091033) 40 50 60 70 80 90 NC_000 TAAAGTTAATACCTTTGCTCATTGACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTC-CGT :: : ::: :::: :: :: :: :: AE0094 AAGAGCCCGGCTTTTGCCCGGTCTAAAACGCCGGGCGAATAAGCGGGGGGCAAGTCTGGT 1090770 1090780 1090790 1090800 1090810 1090820 100 110 120 130 140 150 ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/fasta.out -- 14.1 Кб -- 10.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
37. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/nhunt.out
Nhunt 1.5.6.2 [May-16-2011] Length of query file: 300 bp Length of database file: 10953209 bp lambda = 0.204 Number Sequences producing significant alignments: Score E-value 1 AE009441 378.4 1.05698e-25 2 AE006641 355.6 1.10392e-23 3 AE000782 335.7 6.34508e-22 4 AE017261 291.5 5.27347e-18 5 AE004437 259 ... AE006641 97.3 0.837773 13 AE006641 96.9 0.90851 Alignment 1: NC_000913.2 from 68 to 300, AE009441 from 1090800 to 1091033 Initial score : 374.2 (113.4 bits ), ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex2/nhunt.out -- 18.6 Кб -- 10.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
38. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/fasta.out
Query: miscRNA.fasta 1 misc_240777 CU928145.2 Escherichia coli 55989 chromosome, comple - 125 nt Library: bac.fasta 5419036 residues in 1 sequences Statistics: (shuffled [454]) MLE statistics: Lambda= 0.1094; K=0.001128 statistics sampled from 37 (37) ... sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: +5/-4 matrix (5:-4), open/ext: -12/-4 ktup: 3, E-join: 0.25 (1), E- opt : 0.05 (0.946), width: 16 Scan time: 16.830 The best scores are: opt ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/fasta.out -- 10.7 Кб -- 10.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
39. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/nhunt-1.out
Nhunt 1.5.6.2 [May-16-2011] Length of query file: 125 bp Length of database file: 5419036 bp lambda = 0.204 Number Sequences producing significant alignments: Score E-value 1 CP001176 155.0 1.34222e-06 2 CP001176 133.0 0.000119382 3 CP001176 130.0 0.000220154 4 CP001176 129.0 0.000269974 5 CP001176 128.0 0.000331069 6 CP001176 126.0 0.000497864 7 CP001176 125.0 0.000610529 8 CP001176 124.0 0.000748691 9 CP001176 124.0 0.000748691 10 CP001176 124.0 0.000748691 11 CP001176 123.0 0.000918118 12 CP001176 123.0
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/nhunt-1.out -- 285.3 Кб -- 10.10.2011
Похожие документы
Похожие документы
40. http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/nhunt-2.out
Nhunt 1.5.6.2 [May-16-2011] Length of query file: 125 bp Length of database file: 5419036 bp lambda = 0.204 Number Sequences producing significant alignments: Score E-value 1 CP001176 108.8 0.0165228 2 CP001176 101.6 0.0723522 3 CP001176 94.9 0.28342 4 CP001176 94.2 0.324022 5 CP001176 90.1 0.74865 6 CP001176 89.6 0.827658 Alignment 1: misc_240777 from 13 to 125, CP001176 from 2718022 to 2717913 Score : 108.8 (35.3 ...
[
Сохраненная копия
]
Ссылки http://mouse.genebee.msu.ru/~bennigsen/nhunt_files/ex3/nhunt-2.out -- 4.9 Кб -- 10.10.2011
Похожие документы
Похожие документы